2020年这个单基因套路仍然能发3分SCI

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我是你们的老朋友小木舟~想必这几天大家都在家里憋坏了吧。今天给大家分享一个关于预后基因和免疫的套路。来自【DNA AND CELL BIOLOGY】2020年刚发表的文章。文章题目是:Identification of MMP1 as a Potential Prognostic Biomarker and Correlating with Immune Infiltrates in Cervical Squamous Cell Carcinoma(MMP1作为宫颈鳞状细胞癌潜在预后标志物的鉴定及其与免疫浸润的关系)。


1.文章流程图


2.步骤分析

一、差异基因分析

利用GEO数据库分析三个宫颈鳞状细胞癌数据库的差异基因,通过维恩图分析对三个数据集交叉处的132个共同点进行进一步分析。



二、常见差异基因功能注释和富集分析

对常见的差异基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,以探索与CESC相关的潜在功能通路。发现一个基因可能参与多条途径,因此,生成了一个upset plot(用R中集合可视化神包—UpSetR来完成)


三、特征基因在宫颈肿瘤患者中

显示出最大的预后价值


单变量Cox风险回归分析显示, EFNA1、ANLN、MMP1为危险因子,ZWINT为保护因子。两种ROCs在训练队列和验证队列中均显示出较高的预测能力。K-M分析显示,高危组总生存时间较低危组短。



四、特征基因的验证与分析

利用PROGeneV2数据库进一步比较了高风险组和低风险组的生存差异。利用GEPIA数据库分析了EFNA1、ZWINT、ANLN和MMP1在宫颈癌和正常宫颈组织中的mRNA表达水平与Oncomine数据库进行对比。


五、基因集富集分析

通过GSEA证实了高危组具有增强的抗凋亡和上皮间充质转化(EMT)特征。



六、MMP1对免疫分子的调节作用

KEGG途径富集分析表明,MMP1是两条肿瘤相关途径的中枢基因。TISIDB-Reactome通路分析支持MMP1参与免疫系统中的细胞因子信号传递。预测MMP1在CESC肿瘤免疫中的潜在生物学作用。(TISIDB整合了五大数据库的数据资源,对每个基因进行十种分析与注释。详情点击:TISIDB:一个专注做肿瘤免疫分析的神器



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