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今天分享的是2020年1月发表于AGING-US的一篇文章,标题是Prognostic potential of PRPF3 in hepatocellular carcinoma,影响因子5.515,基本是基于网页工具的分析,主要围绕PRPF3这一个基因在基因表达水平、拷贝数变异两个水平分析,还进行肿瘤免疫浸润的研究。


01

研究思路


• PRPF3的表达情况在公共数据库的探索-HCCDB、oncomine、UALCAN

• PRPF3的表达高低对生存的影响-GEPIA

• PRPF3共表达基因研究-LinkedOmics

• PRPF3的基因改变汇总-cbioportal

• PRPF3在肝癌中的拷贝数变异共生现象-Networkanalyst、RegNetwork

• PRPF3表达与肿瘤免疫浸润的关系-TIMER


02

结果

2.1


PRPF3在公共数据库的表达情况



这里探索了HCCDB,oncomine数据库,以表格和箱线图的形式展示了RPPF3在不同数据集中的表达情况;

HCCDB是肝癌相关的综合数据库,汇总了TCGA-LIHC、ICGC-LIRI-JP和多个肝癌相关的GEO数据集;而oncomine则汇总了多个肿瘤相关的GEO数据集,同样方便可视化探索,可以直接使用网站绘制的图片,也可以下载后用R进行绘制;



2.2


PRPF3在不同临床分类下的表达情况



这里是利用了UALCAN基于性别、年龄和其他分类标准下,对PRPF3在肝癌中的表达情况进行探索;



2.3


PRPF3的表达高低对生存的影响



生存分析是肿瘤研究中避不开的分析,一般是依据表达水平(这里依据PRPF3的表达高低),将病人分为高低表达两组,探索TCGA、GEO数据库,看表达高低对OS、RFS等的影响;


2.4


PRPF3共表达基因研究



找到在肝癌中与PRPF3存在正相关和负相关的基因,这里是由LinkedOmics来完成;随后对PRPF3共表达基因进行生存分析和功能富集的研究;


2.5


PRPF3的基因改变汇总



这part主要用到了cbioportal:利用oncoprint展示了PRPF3在肝癌病人中的突变情况,不同的拷贝数变异分类下研究PRPF3的表达情况,在不同的肿瘤分期和等级下进行PRPF3的拷贝数变异分布可视化;将患者依据有无PRPF3突变分为两组,并进行生存曲线的绘制;


2.6


PRPF3在肝癌中的拷贝数变异共生现象



利用火山图展示了与PRPF3拷贝数变异存在共生或互斥的现象的基因,并对相应基因进行KEGG和GO的富集分析、蛋白互作的分析以及TF-miRNA核心调控网络的分析;富集分析和PPI,应该是大家都已经耳熟能详的分析了,主要是DAVID、STRING和cytoscape各种工具的使用,这里用到的是Networkanalyst;TF-miRNA核心调控网络则是利用了RegNetwork这个网页工具获得的,大家在分析的时候可以尝试下,非常简单好用;



2.7


PRPF3表达与肿瘤免疫浸润的关系



PRPF3 表达与肿瘤纯度和6种免疫细胞浸润程度的关系;PRPF3 不同拷贝数变异情况下免疫细胞浸润情况的展示;利用多因素cox模型研究在免疫浸润存在的情况下,PRPF3表达对生存的影响;survival map分析展示了与PRPF3相关性排前20的免疫marker的表达对生存的影响;



03

结语


大家可以看出,文章的分析大多是利用了网页工具,对代码的要求不高;这里是对单个基因的表达和拷贝数变异进行的研究;在这两个水平,找出相关性强的基因、相关性强的免疫marker、共生互斥的基因,进行功能注释和生存分析的阐释。


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