生信第二步-ubuntu上安装单细胞3大包

生信第二步-ubuntu上安装单细胞3大包

以下文章来源于生信技能树 ,作者杨帆
生信技能树 生物信息学学习资料分析,常见数据格式及公共数据库资料分享。常见分析软件及流程,基因检测及癌症相关动态。
前面通过看jimmy的公益视频以及自己的尝试和摸索,已经成功搭建了自己的生信分析环境,上一篇投稿见:
生信第一步-购买腾讯云服务器搭建自己的生信分析环境
这次,是我的第二篇投稿:生信第二步-ubuntu上安装单细胞3大包。同样的跟着jimmy的公益视频一步步完成任务!

感兴趣的,拉到文末,点击阅读原文,值得免费公益教学视频!

由于R,Rstudio,Shiny都已经安装好了,那么我就直接进入服务器,进行安装。人在墙外,因此无需设置cran repos和Bioc_mirror(其实人在哪无所谓,关键是云服务器在哪)
R#启动R,这是一个啥也没装的Rinstall.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“scater”)直接报错,我们跟着jimmy教程的思路,可能是linux的库文件缺失,检查发现,是没有安装Java的,如下
java-version#查看是否安装

cat/etc/issue#查看ubuntu的版本号#Ubuntu18.04.4LTS\n\lsudoaptupdate#更新本地软件包#111个packages可以安装sudoapt-getdist-upgrade#升级

scater
开始安装java
sudoaptinstalldefault-jre#安装OpenJDKjava-version#version11.0.6

sudoaptinstalldefault-jdkjavac-version#检查Java编译器的javac版本,来验证是否已安装JDK#javac11.0.6
#进入R,安装scaterRBiocManager::install(‘scater’)#报错————————-ANTICONFERROR—————————Configurationfailedbecauseopensslwasnotfound.Tryinstalling:*deb:libssl-dev(Debian,Ubuntu,etc)*rpm:openssl-devel(Fedora,CentOS,RHEL)*csw:libssl_dev(Solaris)*brew:openssl@1.1(MacOSX)Ifopensslisalreadyinstalled,checkthat’pkg-config’isinyourPATHandPKG_CONFIG_PATHcontainsaopenssl.pcfile.Ifpkg-configisunavailableyoucansetINCLUDE_DIRandLIB_DIRmanuallyvia:RCMDINSTALL–configure-vars=’INCLUDE_DIR=…LIB_DIR=…’——————————————————————–ERROR:configurationfailedforpackage‘openssl’*removing‘/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/openssl’Thedownloadedsourcepackagesarein‘/tmp/RtmpWg4YTU/downloaded_packages’Warningmessage:Ininstall.packages(“openssl”):installationofpackage‘openssl’hadnon-zeroexitstatus这里尝试先安装openssl,再安装scater
但是还是提示同样的错误 – Configuration failed because openssl was not found
如何解决呢,参考了stack overflow的一个帖子,帖子里第一种方法不可行,但是第二种是可行的
#先退出R,运行以下代码sudoapt-getinstalllibssl-dev#之后,再次进入R,安装openssl提示成功,进而安装scater也没有阻碍
Seurat
同样的,安装Seurat还是报错

解决的方法同scater,这里我有个疑问,因为忘了存图了,因此只能文字描述了:
在server上已经安装好了miniconda,但是安装seurat的时候,提示没有安装python,进而提示安装miniconda
感觉不是很理解,不知道有没有朋友知道是为啥

monocle
BiocManager::install(“monocle”)#直接上错误信息ERROR:configurationfailedforpackage‘XML’直接上解决方案
#先退出R,运行以下代码sudoapt-getupdatesudoapt-getinstalllibxml2-dev#之后,再次进入R,安装XML提示成功,进而安装monocle,最终安装成功OK!全部搞定,可以开始分析了
文末友情宣传强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI,多一点数据认知,让他们的科研上一个台阶: 阅读原文

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