文献解读零代码生信分析系列8

文献解读|零代码生信分析系列8

真不明白为啥老黑每天都在妄想,有前辈看到老黑整理的资料,一不小心感动,带老黑在其文章上署个名(嗯,确实是在痴心妄想,可是看到华西好多同学都有老师带着写了稿子,着急啊)。不过,老黑这段时间的一个小课题,经过一位学姐的指点,重新设计思路,绘制图表,工作量应该是够一些核心期刊的了,不知道有没有前辈愿意批评指正一下了(抱拳,微信号:T199807164830)。

今天给大家介绍的是一篇纯用在线数据库完成,影响因子5.515的SCI。然后老黑把其中用到的Linkedomics数据库的教程分享给大家。这些资料来自于小张聊科研团队,请大家尊重老师的劳动成果,不要商用(虽然老黑也知道分享不好,可是老黑穷啊,没法自己做视频,嗯,如果有一天能考上湘雅的研究生,老黑就自己掏腰包做资料)。

Prognostic potential of PRPF3 in hepatocellular carcinoma
Abstract
pre-mRNA processing factor 3 (PRPF3) is an RNA binding protein in a core component of the exon junctioncomplex. Abnormal PRPF3 expression is potentially associated with carcinogenesis. However, the biological roleof PRPF3 in hepatocellular carcinoma (HCC) remains to be determined. We analyzed PRPF3 expression viamultiple gene expression databases and identified its genetic alterations and functional networks usingcBioPortal. Co-expressed genes with PRPF3 and its regulators were identified using LinkedOmics.
Thecorrelations between PRPF3 and cancer immune infiltrates were investigated via Tumor Immune EstimationResource (TIMER). PRPF3 was found upregulated with amplification in tumor tissues in multiple HCC cohorts.High PRPF3 expression was associated with poorer overall survival (OS) and disease-free survival (DFS).Functional network analysis suggested that PRPF3 regulates spliceosome, DNA replication, and cell cyclesignaling via pathways involving several cancer-related kinases and E2F family. Notably, PRPF3 expression waspositively correlated with infiltrating levels of CD4 T and CD8 T cells, macrophages, neutrophils, and dendriticcells. PRPF3 expression showed strong correlations with diverse immune marker sets in HCC. These findingssuggest that PRPF3 is correlated with prognosis and immune infiltrating in HCC, laying a foundation for furtherstudy of the immune regulatory role of PRPF3 in HCC.

摘要
pre-mRNA processing factor 3 (PRPF3)是外显子连接复合体核心组分中的一种RNA结合蛋白。PRPF3表达异常可能与肿瘤发生有关。然而,PRPF3在肝细胞癌(HCC)中的生物学作用仍有待确定。我们通过多个基因表达数据库分析了PRPF3的表达,并使用cBioPortal鉴定其遗传改变和功能网络。与PRPF3及其调控因子共表达的基因通过LinkedOmics识别。通过TIMER研究了PRPF3与肿瘤免疫浸润的相关性。在多个HCC组中,发现PRPF3随着肿瘤组织的扩增而上调。高PRPF3表达与较差的总生存(OS)和无病生存(DFS)相关。功能网络分析显示,PRPF3通过多种癌症相关激酶和E2F家族的途径调控剪接体、DNA复制和细胞周期信号。值得注意的是,PRPF3的表达与CD4 T和CD8 T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润水平呈正相关。在HCC中,PRPF3的表达与不同的免疫标记集具有很强的相关性。提示PRPF3与肝癌的预后和免疫浸润有关,为进一步研究PRPF3在肝癌中的免疫调节作用奠定基础。

这项研究使用的数据库:HCCDB、Oncomine、UALCAN、GEPIA、c-BioPortal 、LinkedOmics、Networkanalyst 、TIMER。

文献的DOI:10.18632/aging.102665

今天介绍的是LinkedOmics,下面主要展示这个数据得到的图片。
图4 HCC中PRPF3共表达基因
(A) LIHC队列中Pearson检验发现的全球PRPF3高相关基因。
(B)在LIHC中显示前50个基因与PRPF3正相关和负相关的热图。红色表示正相关基因,蓝色表示负相关基因。
(C)50位基因在LIHC中与PRPF3呈正、负相关生存图谱。
(D)LIHC队列中PRPF3及其共表达基因的GO和KEGG富集分析。
表一 HCC中PRPF3的激酶、miRNA和转录因子-靶网络

下面附上视频,重申不要商用,不要商用,观看注意流量消耗(共计83分钟)。
1、linkedomics简介

2、linkedomics实操

3、linkedomics多组学分析及文章实例

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