数据挖掘第2期(两天变三周,实力加量)

数据挖掘第2期(两天变三周,实力加量)

这里是生信技能树专为医学生/医生而准备的生信线上课程,如果你也想学习公共数据挖掘技能而苦于无人带领,想学习生信却对代码望而却步,这门课程可能是你最好的选择~
1 课程介绍

1.1 课程起源
生信技能树线下教学团队在生信菜鸟团博客、生信技能树论坛及同名公众号上万篇教程的基础上,经历 5 年沉淀和发展,又从线上走向线下,经过 20 场“生信入门课”全国巡讲线下培训的历练,探索设计了一套完全适合初学者入门且富有趣味的课程,循序渐进地带你越过初学生信的障碍,用优秀的数据分析与可视化技能为科研和工作增光添彩。
从 2019 年 11 月起,每月初的第一个周末(逢节假日有调动),我们团队都会在广州举办一次数据挖掘专场课程,小班授课;受疫情影响,线下培训无法按时开展,原来的全国巡讲改为了“全球听”,数据挖掘课也顺应潮流,推出线上课程,原来的两天课程改为三个周啦!

1.2 与全国巡讲全球听的异同点

相同点:前两周课程是完全一致的,都是 R 语言基础与 GEO 分析;
不同点:
全国巡讲全球听为期 4 周,后续课程是linux 基础和转录组上游、下游分析;对应的线下课程是在全国各城市巡回开班,每月 2 场,学费是 3699。
数据挖掘班第三周课程是GEO 进阶分析实战和 TCGA 数据分析;对应的线下课程目前仅在广州开设,每月 1 场,学费 2399。(报名线上课程后,如需再参加线下课程,补交 500 元场地费即可)
2 时间地点

时间:第二期是5月4号开始,为期三周。
每周五天课程(周三、周日休息),每天晚上 8:00~11:00,每次3 小时线上互动直播,总时长45 小时。
地点:由你定,前提是需要稳定的网络。
直播课程提供回放,即使你时间安排不开,也是可以第二天抽时间补上的,而且有专门的微信群答疑!
3 大纲

R 语言基础与强化训练
GEO 数据库挖掘分析思路与标准流程
多数据集与多分组数据处理
复现一篇 GEO 文献的全部图表
TCGA 介绍与示例文献解读
TCGA 数据库挖掘分析思路与分析流程
4 详细课表

5 课前准备与课后答疑

开课前一周为课前准备时间,团队会保障大家顺利安装软件、R 包;课后一个月为快速答疑期,将在微信群详细解答学员提出的问题。(群不解散,一个月后仍可提问,但不保证响应速度)
我们不仅关心你的课前课中课后,还设计了课上和课后的强化练习题,且会根据所有学员的反馈不断升级课程,因为用心,所以更好!
6 授课团队

孙老师,生信技能树核心成员,生信星球公众号创办人之一,简书、公众号原创作者、今日头条认证优质作者。自 2018 年 5 月起,在各写作平台分享了数百篇生物信息学笔记、教程,累计 18 万字(字数统计不包括代码),如《详解 R 数据科学》,《蛋白结构预测与分子对接》、《R 包 shiny 开发网页》、《ggplot2 作图》、《GEO 数据挖掘》、《TCGA》、《R 包开发》等系列;
2018 年 8 月至今,开办了 47 期线上学习小组,指导了 300 名生信小白零基础入门,十分了解初学者入门生信的障碍和常见问题;
2019 年 1 月至今,担任生信技能树团队线下讲师,主讲了全国巡讲的 R 语言和 GEO 数据挖掘部分、广州专场 GEO 数据挖掘课和多场上门培训,累计 30 多场。
课堂轻松有趣,重点明确,讲练结合,给学员充分的练习和试错机会,掌握必备的数据处理、挖掘、可视化等技能。
配备生信技能树强大的助教队伍,他们基础扎实、数据分析经验丰富,并多次参与线下课程助教工作,全方位保障你的入门!
7 学员福利

7.1 第一个福利 买一得五
报名2020数据挖掘线上班的全新教学项目者,除了可以参加45个小时的线上视频直播课程,以及一次广州的线下学习班之外,还可以继续享受5个福利:
Linux系统入门视频及配套习题免费领取Linux云服务认识及登录
操作系统目录和文件操作
文本处理基础及进阶三驾马车
元字符,通配符及shell中的各种扩展
软硬链接,绝对路径和相对路径,环境变量
任务提交及批处理
软件安装及管理
其它视频课程及PDF书籍全套
R语言系统入门视频及配套习题免费领取了解常量和变量概念
加减乘除等运算(计算器)
多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
文件读取和写出
简单统计可视化
无限量函数学习
其它视频课程及PDF书籍全套
RNA-seq数据分析视频及配套习题免费领取RNA-seq我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程,而且是我们全国巡讲的标准品知识点,其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充:
RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同
RNAseq数据,下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析
但凡有Linux基础以及R语言认知,听完了我B站的RNA-seq分析流程都是可以迅速上手自己的项目啦!
而且我们还继续赠送单细胞转录组数据分析课程!
GEO和TCGA数据挖掘视频及配套习题免费领取GEO数据挖掘视频我们已经打磨好了多套无脑代码,在:一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码,和免费的数据分析付费的成品代码。当然了,需要你具备R语言基础知识,才有可能看得懂和使用我们的完美代码!
关于TCGA数据挖掘,大多数需求其实也就是差异和相关性,生存分析等等,我们的视频目录如下:
P1-TCGA-101-课程介绍-需要哪些背景知识
P2-TCGA-102-课程导读-如何使用我的github代码
P3-TCGA-103–TCGA数据库大有作用-不仅仅是灌水
P4-TCGA-201-背景介绍及网页工具大全
P5-TCGA-202-其它数据库介绍
P6-TCGA-203-使用Xena网页工具
P7-TCGA-204-使用firehose网页工具
P8-TCGA-205-文章规律讲解
P9-TCGA-301-数据下载方式导言
P10-TCGA-302-GDC下载数据实战
P11-TCGA-303-GDC数据整理
P12-TCGA-304-GDC下载数据续集
P13-TCGA-305-R-TCGA包下载数据及数据提取
P14-TCGA-306-使用GDC和firehose下载-TCGA的胃癌的甲基化信息数据
P15-TCGA-307-使用GDC和Xena下载RNA-Seq的表达矩阵并且比较
还有很多学员笔记:4个小时TCGA肿瘤数据库知识图谱视频教程又有学习笔记啦
表观调控等多组学分析视频及配套习题免费领取01 果蝇参考基因组和注释文件准备
02 文献测序原始数据下载
03 ChIP-seq 数据质量控制与过滤
04 ChIP-seq 数据从比对到 Peaks calling
05 RNA-seq 数据从比对到定量
06 用幕布展示此课程目录
07 验证目标基因的指定外显子 knock out 是否有效
08 多个样本基因信号矩阵来相关性计算与可视化
09 对RNA-seq数据找差异基因以及可视化
10 根据差异倍数来计算样本间相关性
11 使用 ChIPseeker 对单组 Peak 进行注释与可视化
12 对多组 Peaks 进行批量注释与可视化
13 通过 bw 文件来计算 ChIP-seq 样本间相关性
14 探索ChIPQC 包用法并且查看 ChIP-seq 数据质量
15 最新版参考基因组注释peaks之果蝇 dm6
16 样本间 Peaks 交集韦恩图
17 基因组版本注释转换
18 使用 R 和 linux 对多个 bed 进行骚操作处理
19 对单个 bed 文件和 bw 文件可视化
20 多个 bw 文件进行可视化
21 获得差异表达基因 bed 文件
22 对多个基因集进行富集分析
如果你确实是第一次接触我们生信技能树,那么首先恭喜你,你找到家了,先看看我们以前的成果:
生信技能树的2019年终总结
2020学习主旋律,B站74小时免费教学视频为你领路
根据我与几千名粉丝的沟通得出了一个结论,资料其实并不缺,大家缺的是第一步,是互动是耐心帮你解决最开始的拦路虎这样的服务,所以我们才有线下培训,亲自帮你解决电脑面前的报错,让你的入门不再忐忑。预祝2020年的你,在我们友好的教学团队带领下入门后,生信技能树历史教程合辑会成为你真正的宝藏!
7.2 还有惊喜福利

我们每个讲师都会给大家准备几个独家技能小福利
搜索技巧、学习方法、效率工具;
文献查找、翻译、下载、管理工具;
PPT 技巧、云同步工具、资料推荐。
8 报名与注册

注册费 2399 元,可开发票。如果仅仅是参加网课,那么缴费2399即可。如果同时要参加线下学习班,可以预缴500元场地费或者到时候考虑好了再缴费,我们会提前一个月发布开课通知的(线下课目前仅限广州地区哦)!
添加小助手微信即可咨询报名。?

最后一个小惊喜,不仅仅是学到数据挖掘, 参加培训相当于进入生信技能树小圈子,解锁更多学习资料更方便!

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