挑圈联靠拆解一篇4分疾病交互生信SCI

挑圈联靠拆解一篇4分疾病交互生信SCI

一篇三年前的文章,也用上了挑圈联靠。大家好,我是解螺旋的风助教。今天来跟大家一起聊聊一篇我在训练营给学员分享的疾病交互的文(Tao)章(Lu)。这篇文章2017年发表在Journal of Cellular Physiology,IF为4.52。题目是:The key genes underlying pathophysiology association between the type 2-diabetic and colorectal cancer,一篇2型糖尿病与结直肠癌交互的生信文章(是不是感觉有点小清新)。

首先来看一下题目,疾病是2型糖尿病与结直肠癌,两个疾病的交互,目的是找到两个疾病病理生理相关的关键基因(应该就是疾病交互的共同hub基因)。文章比较简单,作者筛选出key基因之后,在一个用了二甲双胍的数据集中简单分析了下key基因在用药组和对照组中表达量的差异,文章勉强做到了“挑、圈、连、靠”四字神功,好了,我们接着往下看!

数据准备:文章从GEO下载了4个数据集,其中GSE21510和GSE8671是肿瘤数据集(结直肠癌CRC),GSE55650是2型糖尿病数据,GSE67342是进行了二甲双胍处理的结直肠组织样本和3个结直肠癌癌细胞系对照样本,所有样本均来自GPL570平台(画重点,人家是同个平台的数据喔)。

(Figure1)

挑:作者进行背景校正之后,使用t-test进行差异表达分析,并使用Venn图展示2型糖尿病和结直肠癌数据集中的差异基因。其中,DEGs1代表糖尿病和大肠癌表达转录本中都上调的基因;DEGs2在糖尿病转录本中表达上调的基因,而在大肠癌转录本中表达下调的基因,DEGs3代表糖尿病和大肠癌表达转录本中都下调的基因。DEGs4在糖尿病转录本中表达下调的基因,而在结直肠癌转录本中表达上调的基因(关于Venn图我在后文放了个链接给大家,在线轻松取交集┑( ̄Д ̄)┍)。

(Figure2)

圈:作者对糖尿病和CRC中独立的414个DEGs进行了KEGG富集分析(其实就是DEGs2和DEGs4)。结果表明,144个在CRC中下调而在糖尿病中上调的基因(DEGs2)主要富集在免疫相关途径中,如自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、溶酶体以及抗原处理和提呈途径。在CRC中表达上调,在糖尿病中表达下调的270个基因(DEGs4)主要在RNA降解、RNA转运和核糖体等遗传信息处理中富集。而作者发现,富集到的核糖体途径与5-氟尿嘧啶耐药相关,这与肿瘤的高增殖性能一致(Kimura et al., 2010)(没错,这部分就结束了,也不说啥了)。

(Figure3)

连:作者为了了解二甲双胍在糖尿病和结直肠癌治疗中的作用,利用Drug Repurposing Hub database中的二甲双胍靶基因以及DEGs1和DEGs3中的基因进行网络分析。编码蛋白PRKAB1和ACACB是PPI网络中的二甲双胍靶基因。而这两个靶基因与其余7个HUB基因(HADHB、NDUFS3、TAF1、MYC、HNFF4A、ATP5O和MAX)存在显著互作。

提示这7个基因在二甲双胍治疗糖尿病和结直肠癌的过程中也起着重要作用(道理我都懂,但是为啥前面不用DEGs1和DEGs3做富集分析呢?)。

(Figure4)

靠:作者不是还找了一个二甲双胍处理过的数据集吗?这里派上用场了,使用直方图展示了这7个Hub基因在二甲双胍治疗组和对照组中的表达差异,方法用的还是t检验。
结果显示,7个hub基因中的6个(包括HADHB、NDUFS3、TAF1、MYC、HNFF4A和MAX)在使用二甲双胍处理人CRCLOVO细胞系后,其表达值发生了显著变化(p0.05)。这进一步增加了这六个基因在二甲双胍治疗糖尿病和CRC过程中发挥重要作用的可信度。

最后这个文章就结束了。

是不是有点懵?是不是觉得不应该啊,应该还要有点后续才行啊,但是,很可惜,作者真的到这里就结束了。其实也很正常,大家看一看文章发表的时间,2017年。什么概念?2017年的时候可能很多人都不知道生信结果可以拿来独立发文呢?

那时候也没各种在线数据库和复杂的算法,而作者已经想到用疾病交互来进行生信分析了,这要是不能发才怪呢O(∩_∩)O 不过这也给非肿瘤研究的学员提供了一个新思路:我不是研究肿瘤,那我可以和肿瘤靠个边一起分析一下总行吧?我觉得至少研究代谢性疾病的学员可以尝试一下,例如肥胖?

现在检索一下Pubmed发现其实这种疾病交互的文章也不多,我猜可能是因为这种文章后续不好继续分析,当然啦,在训练营里也跟学员们探讨了如果要加一些数据和图表该怎么分析,这里就不展开啦。

文章放在公众号,后台回复“风01”,就可以得到文章全文啦。训练营还有学员提到了一个问题,这样的文章临床意义在哪里呢?emmmm,你品,你细品!

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