开班啦!第3期线上培训!左手生信,右手meta

开班啦!第3期线上培训!左手生信,右手meta

第1期《实操SCI文章—— 生物信息数据挖掘和网状meta分析(杭州)线下培训班》顺利结束,感谢各方支持!
第2期培训在2019年11月中旬在浙大华家池完美收官!
第3期线上培训终于来了!

《实操SCI文章—— 生物信息数据挖掘和网状meta分析(杭州)线下培训班》举办了两期,受到各方好评!许多小伙伴期待着第三次的课程。

由于疫情的原因,我们将在2020年4月中旬开展线上直播培训,欢迎新老学员报名参加!
课程安排第1周

日期
时间
主讲人
课程名称
课程内容
4.18

9:00

11:00
赵忻艺
课题没思路?大数据带你找方向1.数据挖掘在医学科研和临床中的应用
13:30-
17:00
赵忻艺
公共数据挖掘,手把手教你入门

2.常用科研数据库介绍及实例演示(表达谱数据库GEO、肿瘤数据库TCGA等)
3.基因芯片和高通量测序介绍及下游实例分析(Genechip和RNAseq)

4.19

9:00-
11:00
孙敏
Meta基础知识引入,由简入深
1.meta分析的选题
2.什么是临床研究
3.RCT研究的质量评价和revman软件的应用
4.文献检索
5.观察性研究的概念和质量评价

了解从临床中如何选题,
讲解文献检索及筛选、资料提取、异质性分析、亚组分析、回归分析、发表偏倚、敏感性分析、文献质量评价、证据分级
结果解释与讨论等,结合高质量Meta分析文献讲解

13:30-17:00
孙敏
6.数据提取表的制作和数据管理
7.Revman制作meta分析
8.endnote文献管理和插入word
9.stata制作meta分析
10.meta分析的写作

了解meta分析各种类型数据的提取、管理,导入endnote,制作森林图、漏斗图、质量评价图、stata软件作图和分析、数据解释、meta分析的写作技巧和方法
针对临床随机对照试验、队列研究、病例对照研究、遗传关联性研究、生存研究资料、累积Meta等,讲解Revman、 Stata软件等、软件实操

第2周

日期
时间
主讲人
课程名称
课程内容
4.25

9:30

11:00
赵忻艺
专业文章,深度剖析1.文章整体解读和亮点分析
2.数据下载和整理

13:30-
17:00
赵忻艺
复盘全文,指导写作
3.基因分析软件实操(BRB-ArrayTools)
4.生物网络构建和功能模块识别(Cytoscape)
5.临床相关数据分析和绘制 (SPSSGraphPad)
6.生信写作方法和投稿技巧
7.如何回复审稿人意见
4.26

9:30-
11:00
孙敏

了解网状meta分析方法学
Stata 13安装
Stata实现网状meta分析数据练习

Meta分析的统计学方法异质性探讨
异质性处理亚组分析和回归分析
PRISMA系统评价方法-meta分析整体框架
stata代码、数据库训练
二分类数据的网状meta分析实现
实现所有的网状meta分析的图形
全面复盘一篇sci论文
选题 数据提取 分析 图表 写作

13:30-17:00
孙敏
网状Meta分析简介与实战
网状meta分析的简单stata实现
网状meta分析的原理-数据格式的转换
4.高分meta分析的注册5.Stata复现一篇网状meta分析的全过程
6.全代码制图
7.全代码制表

连续型数据、代码训练
实战讲解例文:一篇肿瘤新辅助治疗的网状meta分析
全程stata代码复现
连续性数据的网状meta分析实现

模板文献1:

生信SCI图表
Zhao X,Xu M, Cai Z, Yuan W, Cui W, Li MD. 2019. Identification of LIFR, PIK3R1, andMMP12 as Novel Prognostic Signatures in Gallbladder Cancer Using Network-BasedModule Analysis. FRONT ONCOL 9:325.

模板文献2:

网状Meta分析SCI图表
Huang J,Sun M,WangZ, Zhang Q, Lou J, Cai Y, Chen W, Du X. Induction treatments for acutepromyelocytic leukemia: a network meta-analysis. Oncotarget 2016; 7:71974-86.

培训对象:
临床医生、医学生和生信入门者

课程亮点:1)SCI作者,专业讲解
2)串联知识,复盘全文
3)一次购买,永久听课(仅限本人此班)
4)课后答疑,持续免费

全新流程体验:手机端直播 电脑端同步操练 录播视频随意看为了更好的线上学习体验,我们将采用软件免安装的一体化“固态U盘” 课上同步直播实操演练 课后视频录制回放的教学方式,安排2个周末,一共安排20个课时。

培训班详情:课程名称:《实操SCI文章—生物信息数据挖掘和网状meta分析(线上2020年4月)》

课程介绍:
目前,不做实验发表医学SCI文章有两种方式:生物信息数据挖掘和Meta分析。本课程专门为没时间进行「湿实验」的临床医生或医学生量身打造。从生物信息学分析和网状Meta两种文章类型出发,结合文献实例的学习和动手操作,带领大家一步步从数据分析的「门外汉」到自己动手整理出一篇可以发表的文章。通过接地气的套路学习和丰富的案例分析,真正掌握分析的方法并运用于实践。

本次培训集结Freescience联盟生物信息版主赵老师和网状Meta分析版主猴哥,两位大神共同打造本次课程,以第一或共同作者发表的文章为例,手把手复盘文章的分析、写作及投稿过程。

讲师介绍:
赵忻艺:浙江大学医学院附属第一医院精准医学中心生物信息分析工程师,从事生物信息学和医学相关研究,主要致力于医学大数据挖掘,发表SCI论文13篇;参与5项863、973和精准医学等国家级重点项目;8年数据分析经验,30多场讲座,拥有丰富生物信息学授课经验。目前,已建立浙大医学数据挖掘团队,旨在降低研究者学习大数据的门槛,推动大数据共享与研究协作,发表更高质量的研究成果,为科研决策提供精准的预测和实验证据。

孙敏:武汉大学博士,副主任医师,丁香园特约讲师,Freescience联盟(微信公众号: freescienceunion)联合创始人。发表SCI论文25篇,主持多项国家级基金项目,历任3家公司数据分析师,100篇meta分析数据分析经验,1000 问题解答经历,43场公益讲座授课基础,5年免费答疑的耐心和责任心。
往期掠影
好评如潮学员的一封感谢信:

8月24日-25日,我有幸参加了freescience联盟在杭州开办的生信数据挖掘及网状meta分析线下培训班 : ) 作为一名临床医生,我对发文章、晋职称有迫切的需求,但是苦于没有基金支持实验,也没有老师指导操作。我是freescience联盟公众号的老粉丝,参加这次培训班收获很大,解决了一直以来在自学生信、meta分析过程中困扰我的很多问题。

这次的培训班分为两天,第一天由赵忻艺老师授课。

上午,详细介绍了生物信息数据挖掘的临床应用背景,介绍TCGA和GEO数据库,并穿插讲解了一些不需要代码、可以直接分析TCGA数据库的网站和实用插件,这些内容特别适合零基础的医生快速入门生信分析。

下午的内容是,赵老师复盘讲解他本人发表的sci文章(IF=4),从文章的最初构思开始,到数据库检索方法,详细讲解如何高效搜索可用的芯片信息、获得芯片信息后怎样进一步分析,重现文章结果,最后结合投稿过程中遇到的审稿人提问,演示如何改进分析、满足审稿人的要求——完整复现一篇四分的sci从开始到完结的全过程。

晚上,在赵老师的帮助下,我解决了一些软件运行过程中遇到的操作问题。赵老师还详细解答了我在平时工作中遇到的一些生信方面的问题,解决了我特别多的困惑。

第二天的主讲人是猴哥——孙老师,作为一位指导发表过上百篇meta分析的专业人士,经验丰富,指导我们当然是轻车熟路。

网状meta分析作为meta分析的进阶,操作更复杂,但是相对更容易发表。

孙老师明显了解新手学习网状meta分析的各种需求,在介绍meta分析的基础背景后,大多数学习时间安排在软件应用、文章复现等操作上;对meta分析的主流工具stata、R语言进行了详细的介绍,从软件的安装,到运行代码中的碰到的问题,都亲自进行调试,以保证在这次培训班之后,我们回到家里都可以将这些代码直接代入自己的文章。

这里必须点赞的是,孙老师把这么多年来他发表文章的代码,全部分享给了我们,这样一来,在录好数据以后,我们就能一键完成作图,对文章中需要的各种结果、图表都能一键生成,这大大降低了新手独立完成一篇新的网状meta分析的难度。同样,在晚上答疑课中,孙老师解答了每个人在作图中遇到的不同问题。

这里必须提一句,在现在大多数培训班,都只是两个白天学习一门数据挖掘或者meta分析,但freescience联盟这次的培训班,两天两晚,在不影响教学质量的情况下,给我们详细培训了生信分析跟网状meta分析两门课程,实在是业界良心。
PS: 有读者在后台留言,说错过第一期培训,希望能参加第二期;还有各地的读者留言,希望我们能做巡讲。第二期线下培训班正在筹备中,相信很快就能举行,期待和大家见面~

【学员成绩】

猴哥部分meta分析论文列表:
Sun M*, Song HB*, Wang SY, et al.Integratedanalysis identifies microRNA-195 as a suppressor of Hippo-YAP pathway incolorectal cancer.Journal of Hematology Oncology. 2017. 10(1):79 (第一作者,IF=8.731,DOI: 10.1186/s13045-017-0445-8, PMID: 28356122医学1区)
Lin X*, Wang S*, Sun M*, Zhang C, WeiC, Yang C, Dou R, Liu Q, Xiong B#.miR-195-5p/NOTCH2-mediatedEMT modulates IL-4 secretion in colorectal cancer to affect M2-like TAMpolarization[J].J Hematol Oncol, 2019, 12(1): 20. (共一作者,排名第三,IF=8.731,DOI:10.1186/s13045-019-0708-7,PMID:30808369医学1区)
Sun M, Wu D, Zhou K, Li H, Gong X, WeiQ, Du M, Lei P, Zha J, Zhu H, Gu X, Huang D.An eight-lncRNA signature predicts survival ofbreast cancer patients: a comprehensive study based on weighted geneco-expression network analysis and competing endogenous RNA network.Breast Cancer Res Treat. 2019 May;175(1):59-75. doi:10.1007/s10549-019-05147-6. (第一作者,IF3.471, PMID: 30715658医学2区)
Siqi Wang, Fang Liu, Yuhui Wang,Wenliang Fan, Hongyang Zhao, Liying Liu, Chunyuan Cen, Xiaobin Jiang, Min Sun,Ping Han.Integrated analysis of 34 microarray datasetsreveals CBX3 as a diagnostic and prognostic biomarker in glioblastoma.J Transl Med. 2019 May 28; 17(1):179. doi: 10.1186/s12967-019-1930-3.(通讯作者第一位,IF 4.098,PMID: 31138312医学2区)
Sun M, Du M, Zhang W, Xiong S, Gong X,Lei P, Zha J, Zhu H, Li H, Huang D, Gu X.Survival and Clinicopathological Significanceof SIRT1 Expression in Cancers: A Meta-Analysis[J]. FrontEndocrinol (Lausanne), 2019, 10:121. (第一作者,IF: 3.634, PMID:30930849 doi: 10.3389/fendo.2019.00121医学2区)
Sun M, Yuan C, Chen J, Gu X, Du M, ZhaJ, Li H, Huang D.Association between RFC1 A80G polymorphism andthe susceptibility to nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate: ameta-analysis. Ann Transl Med 2019;7(23):721. doi:10.21037/atm.2019.12.30 (第一作者,IF 3.689,医学2区)
Fang H, Yuan C, Gu X, Chen Q, Huang D,Li H, Sun M.Association between TIM-3polymorphisms and cancer risk: a meta-analysis[J].Annals of Translational Medicine, 2019, 7(20):550. (通讯作者,IF 3.689,医学2区)Yishu Li, Mengyu Du, Shengsheng Wang,Jin Zha, Peijie Lei, Xueqi Wang, Di Wu, Jianhua Zhang, Denggang Chen, DongHuang, Jing Lu, Heng Li, Min Sun.Survival and clinicopathological implicationof lncRNA SOX2-OT and its potential target gene network in various cancers.Front. Genet. | doi:10.3389/fgene.2019.01375 (通讯作者)

主办单位Freescience联盟公众号

承办单位科培生物科技(杭州)有限公司

上课要求需购买本次培训专用的固态U盘。手机端需安装钉钉软件,电脑端使用非苹果电脑的笔记本或台式机。(电脑端配置至少i3和4g内存,不推荐surface Go等轻薄本或平板电脑)

收费说明:会务费用培训费用3000元/人,包含128g教学固态U盘。仅限老学员单独购买教学固态U盘,128g为900元/个或64g为500元/个。

优惠活动参与Freescience联盟活动,可获得免费听课名额。详情请关注实时推文。

联系方式联系人:赵老师
手机:17857317895或18758193201(微信同号)
邮箱:kpbiot@163.com

报名方式扫码进入微店,购买课程加群。

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