你离4分sci只差一个ceRNA网络!



好久不见甚是想念,点赞在看养成习惯。我是你们的老朋友小木舟~今天给大家分享来自《Epigenomics》,IF= 4.173,国人占比:4.80% 的一篇文章。文章的题目是:Identification of novel mRNA-miRNA-lncRNA competing endogenous RNA network associated with prognosis of breast cancer. 新型mRNA-miRNA-lncRNA竞争内源性RNA网络的鉴定与乳腺癌的预后相关。简单的说就是乳腺癌的ceRNA网络构建。


1
文章思路


2
步骤分析


乳腺癌中重要的DE-mRNA的鉴定

在GEO数据库选择了三个与乳腺癌有关的全基因组基因表达数据集(GSE36295,GSE42568和GSE109169),加上TCGA数据库。进行基因表达差异分析,作火山图。将4个数据集中的上调或下调的mRNA分别相交后,我们总共鉴定出72个上调的DE-mRNA和208个下调的DE-mRNA。


DE-mRNA的功能分析

对DE-mRNA进行GO和KEGG功能分析。


PPI网络的构建及关键基因的鉴定

对DE-mRNA的上调和DE-mRNA的下调分别构建了PPI网络。根据由cytoscape软件计算的节点度,筛选出两个失调基因组中的前20个中心基因。分别取上下调的前十个基因进行后续分析。


关键基因的基因表达验证和生存分析

利用GEPIA数据库和Kaplan-Meier数据库评估了这些基因的表达和对乳腺癌患者总体生存的预后价值。发现十个上调的基因不仅在乳腺癌中显著上调,而且也与乳腺癌患者的不良预后显着相关。十种下调的基因中,有九种基因在乳腺癌患者中均表现出低表达和良好的预后。之后,选择19个符合反向表达模式和存活预后标准的关键基因进行下一步分析。


关键上游miRNA的筛选和验证

使用miRTarBase数据库预测了这19个关键基因的上游miRNA。鉴定出51个miRNA来调控13个关键基因,其中七个基因被上调。分别通过starBase和Kaplan-Meier数据库进一步评估预测的miRNA表达和预后。结果,对于上调的基因的miRNA,乳腺癌患者中有七个miRNA与不良预后相关,其中只有三个在乳腺癌中被下调。在所有针对下调基因的38种miRNA中,有6种miRNA不仅在乳腺癌中显着上调,而且与不良预后显着相关。这些miRNA被鉴定为关键miRNA,并选择进行进一步分析。


关键上游lncRNA的筛选和验证

使用在线数据库miRNet预测了上游lncRNA。结果,在数据库中总共发现了59种lncRNA,其中有4种下调的miRNA;而有172种潜在的lncRNA可能会调控这6种miRNA。基于ceRNA假说,合格的lncRNA应该与miRNA负相关,而与mRNA正相关。同样对预测的lncRNA进行表达水平和预后验证。将表达和生存分析结果相结合后,有四个lncRNA被鉴定为ceRNA网络中的关键lncRNA。


乳腺癌lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建

基于先前的预测和验证,建立乳腺癌的关键lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。


原文获取方式,后台回复关键词:ceRNA

生信发文助手

生信分析服务请加微信:keyan-zhishi2



多点好看,少点脱发

抢沙发

  • QQ号
  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址

登录

忘记密码 ?

切换登录

注册